Sergio Lobera inició su carrera en los banquillos en la cadena de filiales del FC Barcelona, donde permaneció desde 1999 a 2007, dirigiendo varios equipos de la cantera blaugrana, desde alevines a juveniles.

Entre 2007 y 2009, trabajó en el Terrassa FC como director técnico de su fútbol base, director deportivo y entrenador de su primer equipo, donde coincidió con Tito Vilanova, ex entrenador del FC Barcelona. Posteriormente, prosiguió su carrera con dos experiencias en los banquillos, en el San Roque de Lepe (2010-2011) y AD Ceuta (2011-2012).

El 17 de junio de 2012, es fichado como entrenador de la UD Las Palmas de la Liga Adelante, siendo su debut en la Liga Profesional. El equipo canario terminó la Liga en sexto puesto, lo que le permitió participar en el "play-off" de ascenso, aunque salió derrotado en la primera ronda contra la Unión Deportiva Almería. Aun así, el buen papel del equipo insular hizo que al día siguiente el club oficializara la renovación de su contrato por un año con opción a ampliarlo hasta 2015